鱼粉的生产工艺主要有蒸干和脱脂二种，蒸干鱼粉的生产工艺：鱼粉原料——→蒸干机加热蒸干—→成品（蒸干鱼粉）；脱脂鱼粉的生产工艺：鱼粉原料——→蒸煮——→压榨（脱脂、脱去部分可溶性物质）——→干燥——→脱脂鱼粉。

目前，鱼粉生产中主要存在以下问题：

一是原料问题。刚捕捞的不能食用的小杂鱼原料由于受贮存条件限制，往往不能马上加工成鱼粉，通常采用在小杂鱼中加盐的方法以延长保存期，这类原料生产的鱼粉新鲜度达不到要求，且盐分含量要超标；

二是加工工艺问题。如蒸干鱼粉含脂肪量过高，一般在10%以上，容易氧化，产品不易较长时间保存，既影响产品质量，且在夏季高温季节甚至会在运输途中自燃；

三是蒸干加温过度，致使部分鱼粉蛋白质变性；

四是掺杂使假问题，也是目前影响鱼粉质量最大的问题。少数不法分子在鱼粉加工过程中或在鱼粉成品中掺入非鱼粉类物质，通常有高蛋白的血粉、水解羽毛粉、皮革蛋白粉、肉骨粉、饼粕类等蛋白饲料以及米糠、麸、花生壳等农副产品，有的甚至掺非蛋白氮的脲醛聚合物、尿素等物质。

目前产品质量监督检验部门对付掺假的办法主要是用显微镜检查来鉴别，更先进的是用PCR扩增仪检测原料的结构。